苹果花脸病属于病毒病，很多时候病毒从苗木时期就已经潜藏在树体内，却没有任何外在病症，直到树木挂果时才慢慢显露出来，所以防治花脸病要从选苗开始，需要警惕病毒苗。苹果花脸病往往传染很快，所以在发现少量花脸病病株时，一定要及时连根挖除，以保证大部分果树不受侵害；有机肥和微量元素对抑制病毒起到一定作用，在病毒树过多的情况下，多施有机肥、微量元素，喷施新高脂膜500倍液可保温保湿抑制病毒扩散，减轻症状；梨树也可携带花脸病病毒，最好不要将苹果园与梨园相距过近，以避免外来的病毒侵染；花脸病病毒可以通过树根传播，所以可以适当加宽树间距，减少树根传播的可能性；花脸病往往在树体过于劳累时病状更明显，合理修剪，增强树势，可以提高树体抗病能力，减轻病势。另外，由于花脸病病毒容易通过修剪工具传播，每修剪一棵病毒树后一定要进行工具消毒（剪枝口涂抹愈伤防腐膜保护伤口愈合快，剪口用护树大将军母液消毒杀菌）。
