人粪尿的施用方法很多，可作基肥和追肥，更适宜作追肥，做追肥对叶菜类作物、纤维作物、桑、茶等效果特别显著。
人粪尿最好集中施用。在旱地，加水稀释后在作物根旁穴施，立即覆土；稀释倍数视不同的作物、大小及土壤状况而定；作物苗期及干旱土壤应多加水稀释，至少5-10倍；作物旺长期或土壤较湿时加水3-5倍；作水稻追肥时，应先排水，后加水2-3倍，结合耕耘时施用，2-3天后再灌水。
人粪尿中有机质较少，因此在质地疏松或有机质少的土壤上施用，应配施厩肥、堆肥及速效化肥，以满足作物对各种营养的要求。
人粪尿中含有较多的氯，过量施用会影响某些作物的品质，如烟草的燃烧性和香味、马铃薯与甘薯的淀粉含量、甜菜的糖分、姜的辣味等；另外人粪尿不能与草木灰等碱性物质混合施用。
