1、病毒：苹果花叶病是由苹果花叶病毒侵染所致。病毒粒体为圆球形。
根据交互保护反应试验，目前将苹果花叶病毒区分为三具株系，即重型花叶系、轻型花叶系和沿脉变色系。引起苹果叶片产生花叶病状的毒原，除上述苹果花叶病毒之外，还有土拉苹果花叶病毒和李坏死斑病毒中的苹果花叶株系。
传染途径和发病条件：苹果树感染花叶病后，便成为全株性病害，只要寄主仍然存活，病毒也一直存活并不断繁殖。病毒主要靠嫁接传播，无论砧木或接穗带毒，均可形成新的病株。此外，菟丝子可以传毒。在树苗中可以发现许多花叶病苗，说明种子有可能带毒，但目前尚无确切的试验证明；1956年就报道苹果蚜和木虱可以传毒，但一直未能肯定。然而在自然条件下，该病可缓慢传播蔓延，因此昆虫传毒的可能性是存在的。
2、养分吸收失衡
作物的选择性吸收造成养分供给失衡
作物的选择性吸收造成养分供给失衡（不足）：某种作物在同一土壤中连续种植。片面消耗某些营养元素。使土壤营养元素呈现生理性不平衡。一些元素如Fe、Mn、B、Zn不断减少。造成作物营养平衡失调。导致缺素。通过对不同重茬年限耕层土壤中大量元素和微量元素的测定表明。随着重茬年限的增加。土壤中氮、磷、钾总量变化不大。
3、植物自毒现象
自毒现象是指前茬作物的残留体在腐烂分解过程中。会产生一些毒素。如有机酸、醛、醇、烃类。对下茬作物有显著的抑制作用。影响作物自身的生长。
4、根系老化，树势弱
树生长的年限增长，根系老化，吸水吸肥能力弱，树势弱，不健康。
5、重茬现象
连作（重茬）造成土壤中病原菌增多
作物在同一地点长期生长，某些病原微生物如镰刀菌残留于土壤或植物残体中大量繁衍，基数逐年上升。重茬栽培时，由于幼苗抵抗能力弱，易于感病。如根结线虫在土壤中逐年成倍增加，破坏作物的根系，影响作物的生长。再如蔬菜的软腐病、疫病，茄科的青枯病、猝倒病，瓜类的蔓枯病等病原菌菌核、休眠孢子在土壤中能生存2-6年，一般果菜类重茬2-3年、根菜3-5年都会出现明显的生育不良，使作物根部腐烂、纵裂、须根不发达，影响作物正常生理代谢。
