1、晒种。一般在播种前15天进行晒种。晒种，可以打破棉种的休眠状态，有效杀灭棉种表皮病菌，减轻苗期病害，促进种子后熟，增强种子吸水力和种皮透气性，提高种子发芽率和发芽势，促进种子萌发出苗。毛籽种子要在强光天气条件下曝晒3－5天，每天晒5－6个小时，一般摊晒厚度不超过10厘米，每天翻动3－4次，以保证晒匀晒透。脱绒包衣种子，要在弱光天气条件下晾晒1天左右。晒种时，特别注意不要石板上、水泥地面或塑料薄膜上晒种，以避免高温灼伤棉种，影响种子发芽率。
2、浸种。温汤浸种是中国一直沿用至今的传统毛籽处理方法，其主要作用是促进种子萌发出苗，特别是在土壤墒情较差的条件下，有利于实现一播全苗。脱绒包衣种子不能进行浸种。经山东农业大学试验证明，温汤浸种一般不具备减轻苗期病害的作用，反而如果浸种时间太长，造成种子内养分外流太多，可能加重苗期病害的发生。所以，浸种的关键是掌握种子吸水不宜太多，一般以达种子本身风干重量的60%－70%、种皮发软、子叶分层为宜。浸种时间长短，以水温而定，18－20℃条件下，浸种12－16小时，捞出控干进行药剂拌种。不必强调温汤浸种。不提倡催芽。
3、药剂拌种。药剂拌种，可以杀死种子携带的病菌和播种后周围土壤中的病菌，以提高出苗率，防治苗期病害，配合使用杀虫剂拌种，也可以减轻苗期虫害的危害。拌种药剂，含有一定数量的杀菌剂、杀虫剂及适量的植物生长调节剂等。常用的药剂和处理方法是：按20斤干棉种用50%多菌灵可湿性粉剂50克加50%福美双可湿性粉剂30克加新高脂膜拌种；或用40%拌种双可湿性粉剂125克加新高脂膜拌种。
