病树与健树使用的修剪工具要分开，避免交叉传染。修剪了腐烂病树的剪枝剪，再剪其他树，第二年会有60%-80%的剪锯口带有腐烂病。特别是近几年苹果花脸病毒发生蔓延较快，剪了花脸病毒树的剪子，再剪其他树，极易将其传染，为此，对花脸病毒树应做好标记，单独使用修剪工具，避免人为造成传染。.
腐烂病发生严重及管理粗放的果园，应延迟冬剪时间，由冬剪变春剪。60%-70%的腐烂病疤是由冬剪的剪锯口及上树时树皮受伤造成的。因寒冷的冬季剪锯口不易愈合，易造成死桩干裂，修剪时上树易对树皮造成踏伤，再加上对剪锯口及创伤不注意保护，就为腐烂病菌创造了有利的侵染条件，所以修剪应由传统的每年12月至翌年1月份冬剪改为2-3月份春剪为好。
在有阳光的天气，树枝没有树挂时修剪，修剪工具要消毒，对大的剪锯口要及时涂抹愈伤防腐膜保护伤口愈合组织生长，防腐烂病菌侵染。修剪要彻底，剪下的枝条要及时清理干净，运出园外，距园最好3公里以上，特别是病虫残枝要深埋或烧毁。全园喷施护树大将军，防病菌从伤口侵染，防病菌复制侵染。