水稻苗期常见病害主要有立枯病、稻瘟病、恶苗病等。
立枯病：发生立枯病主要与土壤酸碱度和播种量有密切的关系，土壤PH值7以上或播种量如果超过每平方米6两时，容易得立枯病。立枯病主要症状是，看稻苗心叶尖上没有水珠或黄色，其次是把病苗连根拔后，根和茎的连接处掰开看，茎的中心变黑就是立枯病。立枯病一般先是心叶不吸水，心叶变黄，严重时整株变黄死亡。一般在秧苗一叶一针期喷施立枯灵、广枯灵、禾枯灵、或40%苗病清等防治。
稻瘟病：苗瘟发生于三叶前，由种子带菌所致。病苗基部灰黑，上部变褐，卷缩而死，湿度大时病部产生大量灰黑色霉层，即病原菌分生孢子梗和分生孢子。每亩用30%稻瘟灵可湿性粉剂75-110g兑水50kg喷施。
恶苗病：症状病苗颜色变淡黄色，生长细长，一般高出健苗1/3左右。叶鞘生长窄长，根系发育不良，根毛减少，分蘖降低。每亩用抗枯宁3支加施保克2支，加水30～40kg均匀喷雾，防效在90%以上。也可用恶霉灵防治。
