木瓜是速生丰产果树，在年生长周期中不间断地生根长叶，增粗树干；不间断地开花、结果，产量和经济产量很高，因而需要供应大量的矿质营养元素，才能早结果、丰产和不间断结果，因此所需的矿质营养元素需要通过施肥及时加以补充。木瓜施肥量的确定，既重要，又复杂，不易准确。因为施肥量受土壤性状、气候条件、肥料性质、品种特性、栽培管理水平、栽植密度、产量水平、对果实品质的不同要求等的影响。
理论上木瓜施肥量的确定，应先测出树体各器官（根、茎叶、花和果实等）在年周期中，从土壤吸收（带走）各营养元素的量（即上述器官所含矿质元素的总量），扣除土壤能供给的量，再考虑肥料的利用率，其余额即为施肥量。但植物各器官营养成分的分析较为繁杂，不同地区土壤养分差异很大，分析方法又未能普及。因此，上述施肥量的确定方法虽较科学，但目前未能在生产上普遍推广应用。较普遍采用的方法是根据各地木瓜优质丰产栽培的施肥量，结合本地的土壤肥力，确定施肥量和主要矿质元素的比例。
以广州水田木瓜园为例，过去曾按每收获100千克熟果计，施纯氮1千克，五氧化二磷0.5千克，氧化钾0.3~0.4千克。据此，亩产3000千克熟果的木瓜园年施纯氮30千克，五氧化二鱗15千克，氧化钾9~12千克。这个施肥量氮磷钾三要素的比例是3:1.5：1，钾的施用量太少。
在珠江三角洲优质丰产木瓜园（每亩2200株，产4000千克以上）的年施肥量一般是：在定植时的基肥鸡粪1吨（计含纯氮16.3千克，五氧化二磷15.4千克，氧化钾8.5千克），过磷酸钙200千克（计含五氧化二磷30千克），石灰100千克。在追肥初期用尿素合计20千克（计含纯氮9千克），木瓜开花坐果后追肥用复合肥及花生麸，合计施用复合肥（氮：磷：钾=15:15:15)180千克(计含纯氮、五氧化二磷及氧化钾各27千克），花生麸100千克（含纯氮6.3千克，五氧化二磷1.17千克，氧化钾1.34千克），全年合计施用纯氮58.6千克，五氧化二磷73.6千克，氧化钾36.8千克。与国外重视木瓜施磷一致，还说明达到一定产量水平后，要进一步提髙产量，必须大大提高施肥水平，在经济上是否合算，必须认真分析。
钙对木瓜生长、结果和果实品质均有良好的促进作用，但我国华南红壤地区普遍缺钙，且土壤酸性大，钙能中和土壤酸性，消除铝离子的毒害，改良土壤结构。因此，对木瓜必须施钙肥。至于施用量多少才能满足木瓜的要求，至今没有试验结果作依据。但由于木瓜在土壤PH6~6.5时最适宜，因此，可首先根据土壤的pH调节至木瓜最适宜所需的石灰量来确定。当果园土壤pH为4时，每年每亩施石灰量为，砂质土100千克，黏质土140千克；当果园土壤在pH4.5时，分别为75、110千克；土壤pH5时，分别为50、75千克；土壤pH5.5时，分别为25、40千克。
对木瓜镁的施用量同样缺少研究，且我国华南红壤地区同样普遍缺乏镁，补施镁重要但难准确。在木瓜栽培中尽可能施用钙镁磷肥或叶面多次喷施2%~3%硫酸镁，或每亩土施硫酸镁15~30千克。
在我国台湾，木瓜园除植前施足优质的有机质肥作基肥外，木瓜追肥主要根据叶片分析和土壤分析的结果，决定施肥量及各营养元素的配比。当木瓜成熟的第2~3叶片的叶柄含氮1.45%，磷0.25%，钾3.61%时最为理想，若未达到要求即要及时追肥，按不同营养元素的欠缺程度，施用配比合理的肥料。
在海南三亚地区栽培小果型优质木瓜时，十分重视足量施用优质的有益微生物有机肥料。其成分主要是鸡粪、米糠、花生麸、鱼粉、石灰，尚有滑石粉、过磷酸钙、氯化钾和硼砂；有益微生物包括光合细菌、放线菌、酵母菌和乳酸杆菌等10种。木瓜在定植时每株施用15千克作基肥，亩施上述优质有机肥2吨；将开花时每株又培施5千克于树盘上。
