大棚西瓜发生枯萎病时植株茎的横断面有黄褐色斑点；发生根腐病的植株，根部变褐色、腐朽。这两种病害都是土壤传染性病害，也是导致萎蔫死苗的重要原因。防治应注意避免连作，实行5年以上的轮作换茬，不与瓜类作物连作；土地应深翻，或用根施通配合杀菌剂灌根，促进根系生长发育，提高抗病力；采用无病的大田土育苗，防止幼苗感染；播种前用新高脂膜拌种，可保温、保湿、吸胀，提高种子发芽率，使幼苗健壮。驱避地下虫害，隔离病毒感染。也可与种衣剂混用。发病严重的可用抗病的葫芦作砧木嫁接育苗；发病初用根施通配合杀菌剂灌根，防治效果良好。
