木瓜主要用种子实生繁殖，由胚根发育而成的根系主根粗大，侧根强壮，须根多。结果树的主根和粗达3~4厘米的侧根数条构成根系的骨架，对植株起着固定和贮藏养分的作用；在主根、侧根上密生须根，须根上着生根毛，起着吸收水分和养分的作用。随着根系生长，部分须根发育成次一级侧根，部分须根衰退枯死，根系不断更替。
木瓜根系分布的深浅与土层深浅及地下水位关系很大，地下水位低、土层深厚的平地或丘陵山地，根系分布深，深人土层可达1米左右，但大部分根系分布在表土下10~30厘米处。若土层浅或地下水位髙分布更浅。木瓜根系的浅生性使其易受土壤上层温度、湿度变化急剧的不利影响，对水分和养分的吸收范围窄、利用率低，抗风力差。
在年周期中，木瓜根系的生长与气候条件，特别是温度条件关系很大。在广州地区，3月份才见木瓜新根生长。广州3月份的平均气温是17.9℃，故木瓜根系生长的起始土温约在20℃左右。随着气温和土温的升高，木瓜根系生长加快，以5~6月发根旺盛，此时期的土温约在30℃以上。7~8月气温高，土温更高，没有土面覆盖的园地表层土温可达40℃以上，对木瓜的生长不利。12月以后，气温、土温低，根系生长缓慢、停顿。在低温时段根系吸收能力差，肥料的利用率低。因此，在南***带地区，冬季和初春对木瓜施肥效果不显著，也造成肥料的浪费；相反，高温季节土壤表层的髙土温对根系造成伤害，若加上干旱，危害更甚。故培土、草料或地膜覆盖护根有良好作用。
木瓜根系的另一特性是肉质性和好气性。木瓜根系含水分多，脆嫩易折断，呼吸作用旺盛，好气性强，既需要较多水分又怕水浸通气不良，若地下部分水浸半天则严重受害甚至死亡。木瓜比香蕉更怕水浸。
