甘蔗种贮藏方法较多，在湖南等地多采用挖沟平窖贮藏，其方法是：
在甘蔗即将收获时，选择靠近蔗田、土层深厚、避风向阳、排水良好又能回潮的地方挖窖，窖宽80~100厘米，深60~80厘米，长度因地形和贮种数量而定，窖底铲平后垫20厘米厚的松土层，然后把蔗种一层一层地平放在窖里，蔗头切口朝两端放整齐，蔗梢对蔗梢地铺平，蔗种堆放60~70厘米厚即可。做完一窖隔30~50厘米左右再放第二窖，依次排下去。全部窖完后，在窖与窖的空隙处填入细土，使蔗种切口紧接泥土，再在蔗种上面盖泥土8~10厘米，并视气温情况，加盖一定的覆盖物，天寒宜厚，天暖宜薄。
因为甘蔗种体积大，含水分多，贮藏花工，又不易管理，如不留意，就有可能出现烂种、烧种现象，因此，应予以重视。在窖藏期间，需经常检查窖内温、湿度，窖中温度保持4~10度，并经常保持湿润状态，特别是窖藏后的10~15天内，要防止温度过高、湿度过大。窖藏时间越短越好，终霜后应尽早开窖。
