莲藕的根有2种，一种是主根，另一种是不定根。主根是莲子播种后，由种子的胚根所形成的，但主根不发达。在生长过程中起作用的是不定根。不定根呈须状，成束地环生在地下茎节的四周。一般每个茎节上都有5~8束不定根，每束有不定根7~8条，总数约有130~180条，每条根长约10~12.5厘米，有吸收养分和固定莲鞭的功能。在不定根上密生许多侧根。不定根能不断更新。莲藕幼苗期根较少，成株期较多，生长期呈白色或淡紫红色，藕成熟后变为黑褐色。种藕长出1~2节前，根系短小细弱，抽生立叶后各节根长而粗。发达的不定根主要起吸收水分、养料和固定与支持植株等作用。
