彩色棉，又称有色棉，是指棉纤维具有某种天然色彩的棉花，彩色棉只是棉花的特色品种。
棉花纤维是由胚珠的表皮细胞延伸、纤维素在细胞壁上沉积而形成的，每一根棉纤维就是一个单细胞。一条成熟的棉纤维在棉花成熟吐絮失水后呈不规则天然扭曲的扁平带状，中空，称为中腔，它是细胞壁停止增厚留下的腔室及残留物。当这种残留物中含有较多的色素物质时，即成为有色纤维。因而，纤维细胞中腔所沉积色素的颜色及其密度大小与多少，决定了棉纤维的色泽及颜色深浅。现有彩色棉花种质资源和开发种植的彩色棉品种只有棕色和绿色两种色泽，只是在颜色深浅上有所区别，中国科学院遗传与发育研究所正在开展棉花的色素基因工程研究，据称，其克隆构建的黑色基因已成功地导入棉花。
由于彩色棉织物所利用的是棉纤维的天然色彩，省去了印染工序，减少了印染过程中染料对环境的污染和织物上染料等化学物质对人体的不良影响，因而，随着市场经济的发展和人们趋于回归自然的追求，彩色棉服装受到人们的欢迎，特别是受一些高消费群体的青睐。国内已有十几家单位先后开展了彩色棉的研究与开发，新疆天彩公司已发展成为集彩色棉育种、生产、纺织、服装为一体的大型企业集团。
目前情况下，发展彩色棉事业应当特别谨慎，要对国内外彩色棉纺织服装市场进行充分的调查研究，引进种植彩色棉品种更应该十分小心谨慎，不能在毫无把握的情况下一哄而上。要特别注意以下问题：首先，发展彩色棉要立足于纺织服装的龙头企业带动，从而形成专门化的生产基地。毕竟彩色棉只是占原棉生产量很小的特殊产品，只能走由企业开拓市场，按需求安排生产规模，由专门基地组织生产的路子。
其次，农民一定要通过特约种植和合同订购才能安排种植彩色棉，因为绝大多数收购部门并不敞开收购彩色棉。
第三，种植彩色棉的地块周围一定要严加隔离，因为棉花是常异花授粉作物，种植彩色棉会因天然杂交而对周围常规白色棉田造成污染，尤其是在普遍种植转基因抗虫棉之后，由于化学农药用量的减少，传粉昆虫增加，棉花的天然异交率提高，使这种污染更为严重。另外，彩色棉在储运、加工、纺织过程中也易污染常规棉。第四，目前的彩色棉品种本身还存在许多问题，如产量较低、抗逆性差、纤维粗短、强力较弱、色彩单调不鲜艳且有的不稳定、经洗晒易褪色等。
