一、芹菜叶斑病
症状主要危害叶片。开始叶子上有黄绿色水渍状病斑，后发展为圆形或不规则形，病斑灰褐色，边缘色稍深不明晰，严重时病斑扩大成斑块，致叶片枯死。茎和叶柄上病斑椭圆形，灰褐色，稍凹陷，发病严重的全株倒伏。高湿条件下，病部均长出灰白色霉层。
传播途径及发病条件病菌附着在种子或病残体及病株上越冬。春季条件适宜，易传播，可通过雨水、风及农事操作传播。发育适合温度25～30℃，高温多雨或高温干旱，夜间结露重，易发病。缺水、缺肥、灌水过多或植株生长不良发病重。保护地放风不及时，棚内闷热高温，也可增加发病。
防治方法
1选用耐病品种，如津南实芹、美国犹它、百利西芹等。实行2年以上轮作。合理密植，科学灌溉，防止田间湿度过高，避免高温时间里灌水。
2种子消毒。用50℃的温水浸种15分钟，不断搅拌，使种子受热均匀。
3发病初期喷洒50%多菌灵可湿性粉剂800倍液，或50%甲基托布津可湿性粉剂500倍液，77%可杀得可湿粉500倍液,75%百菌清可湿性粉剂600倍液,40%乙磷铝可湿性粉剂300倍液。
4保护地条件下，可选用5%百菌清粉尘剂，每亩每次1公斤，或施用45%百菌清烟剂，每亩每次200克，隔9～10天左右1次，连续或交替施用2～3次。
二、芹菜斑枯病
症状两种情况：一种是老叶先发病，后传染到新叶上。叶上病斑多分散，大小不等，初为淡褐色油渍状小斑点，后逐渐扩大，中部呈褐色坏死，边缘多为深褐色且明显，中间分散有少量小黑点。另一种开始和第一种相似，后中央呈黄白色或灰白色，边缘生很多黑色小粒点，病斑外常有一圈黄色环，病斑大小不等。叶柄或茎染病，病斑褐色，长圆形稍凹陷，中部分散生有黑色小点。
传播途径及发病条件病菌在种皮内或病残体上越冬。播种带病的种子，出苗后就会染病，并传播蔓延。病残体上越冬的病菌，在适宜的温度、湿度条件下，借风、雨传播。在冷凉和高湿条件下易发生，气温20～25℃，湿度大发病重。连阴雨或白天干燥，夜间有雾或露水及温度过高过低，植株衰弱时发病重。
防治方法
1选用无病种子，对种子进行消毒，用50℃温水浸10～15分钟，边浸边搅拌，然后移入冷水中冷却。加强田间管理，施足底肥，看苗追肥，增强植株抗病力。
2保护地栽培要注意降温排湿，昼温控制在15～20℃，高于20℃要及时放风，夜温控制在10～15℃，缩小昼夜温差，减少结露，切忌大水漫灌。
3保护地芹菜发病时，可喷撒5%百菌清粉尘剂，每亩每次1公斤。露地可喷75%百菌清可湿性粉剂600倍液，60%琥·乙磷铝可湿性粉剂500倍液，64%杀毒矾M8可湿性粉剂500倍液，47%加瑞农可湿性粉剂500倍液，隔7～10天1次，连续防治2～3次。
三、芹菜菌核病
症状危害茎、叶。受害部位开始为褐色水浸状，湿度大时软化腐烂，表面生出白色物质，后形成鼠粪状黑色菌核。
传播途径及发病条件病菌在土壤中或在种子中越冬，借风雨传播，侵染老叶或花瓣。生病部分与叶片、茎杆接触会染病。病菌产生温度5～20℃，15℃最适，相对湿度85%以上时该病易发生和流行。
防治方法
1实行3年轮作。播前用10%盐水选种，除去菌核后用清水冲洗干净，晾干播种。
2收获后及时深翻或灌水浸泡或闭棚7～10天，利用高温杀灭表层菌核。
3采用地膜覆盖，减轻发病。
4及时通风降湿，发病初期喷洒50%速克灵或50%扑海因或50%农利灵可湿性粉剂1000～1500倍液，或70%甲基托布津可湿性粉剂600倍液及50%多菌灵可湿性粉剂500倍液。
5棚室可采用烟雾法或粉尘法，烟雾法用15%速克灵烟剂或45%百菌清烟剂，每亩每次250克，隔8～10天1次，连续或与其他方法交替防治3～4次，粉尘法喷撒5%百菌清粉尘剂，每亩每次1公斤。
