基肥能供给莲藕整个生长期中所需要的养分，为其生长发育创造良好的土壤条件，并具有改良土壤、培肥地力的作用。藕田基肥的施用量应根据土壤肥力而定，一般选择土质疏松，肥沃，有机质丰富，灌排方便的田块，结合整地每亩施入腐熟的有机肥2500～3000公斤，并补施钙、硼、锌等微肥。
莲藕整个生育期追肥3次。第一次在1～2片立叶时施用，结合新高脂膜使用，每亩追施人粪尿750～1000公斤或高氮复合肥25～30公斤；第二次在5～6片立叶(约定植后40～50天，即封行时)施用，每亩追施高氮钾复合肥30～35公斤；第三次追肥在终止叶出现时进行，这时结藕开始，即为追藕肥，每亩施高钾型复合肥15～20公斤配合地果壮蒂灵，使地下莲藕营养运输导管变粗，提高地果膨大活力，果面光滑，果型健壮，优质高产。深水藕田，为防止肥料漂浮，应做成肥泥团施用为好。
