1.育苗肥
保护地栽培的芹菜一般都要经过育苗，然后再定植。营养土的配制可以参照番茄的营养土配制方法，也可以按体积比用1／2的菜园土与1／2的腐熟或半腐熟堆肥混匀后做营养土，并按重量的2％－3％掺入过磷酸钙。在出苗后30天左有，酌情追施一次低浓度氮肥，每畦追施硫酸铵0.2公斤或腐熟的稀人粪尿。
2.基肥
由于芹菜根系浅，栽培密度大，在定植前整地时一定要施足底肥。每亩施入4000－5000公斤有机肥，30－35公斤过磷酸钙。25－20公斤硫酸钾，对于缺硼土壤每亩可施入1－2公斤硼砂。
3.追肥
一般在定植后缓苗期间产追肥，缓苗时植株生长很慢，为了促进新根和叶片的生长，可施一次提苗肥，每亩随水追施10公斤硫酸铵，或腐熟的人粪尿500－600公斤。从新叶大部分展出到收获前植株进入旺盛生长期，叶面积迅速扩大，叶柄迅速伸长，叶柄中薄壁组织增生，芹菜吸肥量大，吸肥速率快，要及时追肥。第一次每亩追施尿素7－9公斤或硫酸铵15－20公斤，硫酸钾10－15公斤。第一次追肥半月以，芹菜进入旺盛生长期，细小白根布满地面，叶色鲜绿而发亮，叶面出现一些凸起，这时进行第二次追肥，用量与第一次相同。再过15天左右进行第三次追肥，肥料用量与第一次相同，或视芹菜的生长情况增加或减少肥料用量。
