根霉软腐病发病时果实会产生水浸状褐色病斑，很快扩展，使整个果实颜色变为暗褐色，软化腐烂。湿度大时病部表面产生灰白色、顶端带有灰黑色头状物的毛状霉。病果在发病后期大多脱落，个别果实缩成僵果留挂枝头。
农业防治，棚室栽培时及早覆盖薄膜，高温烤棚。定植前用护树大将军喷苗床进行消毒杀菌，培育壮苗，适时定植，密度要适宜。及时整枝并适当摘除下部老叶，避免偏施氮肥和大水漫灌，及时放风排湿。及时防治其他病虫害，防止日烧果、裂果的发生，减少伤口，适时喷施新高脂膜提高植物抵抗力，促进植物生长。
化学防治，发病初期可用杀菌剂+植物细胞免疫因子喷雾防治，提升植物抗逆性，可使病毒DNA断裂凋亡。强大免疫功能，诱生干扰素和活性细胞介素，抑制残余病毒复制，促进植物正能量生态生长。每7天喷药1次，连续防治2～3次。