苹果育苗圃中棉铃虫的危害，主要集中在7~8月份，以周围种植小麦、玉米、蔬菜等作物的育苗圃发生严重。棉铃虫在育苗圃的危害，开始是将刚嫁接的接芽啃食，造成死芽现象，降低嫁接成活率；待嫁接苗迅速生长时，则采食接穗的幼芽和嫩叶，影响接穗的生长速度，产生分叉甚至出现“扫帚苗”现象，从而降低了苗木质量。其防治的主要措施有：
一、冬季深翻
针对棉铃虫冬季在土壤中作蛹越冬的特点，在初冬封冻前，结合施有机肥深翻育苗圃的土壤，这样，既可将有机肥翻入地下，增加土壤有机质，熟化土壤，又可将土壤中越冬的虫蛹翻出冻死，或被鸟啄食，从而减少来年育苗圃的棉铃虫基数。
二、药剂防治
苹果育苗圃中棉铃虫的防治主要以药剂防治为主。棉铃虫第1代成虫一般在6月上、中旬始见，6月下旬在苹果育苗地中产卵为害。此时，采用1200倍的青丰一号药剂防治效果为好。其它防治的药剂还有2000倍的2.5％天王星乳油、2000倍的2.5％功夫乳油、1500倍的5％来福灵、4000倍的灭杀毙以及1500倍的灭多威等。棉铃虫1年发生3~4代，一般从7月份开始，不同龄期的幼虫在育苗圃中危害苹果嫁接苗的幼芽和嫩叶。因此应从6月下旬开始，每隔10天喷布1次药剂。至8月下旬后，则可逐渐减少杀虫药剂的施用。
三、诱杀成虫
为减少苹果育苗圃的虫源基数，根据棉铃虫昼伏夜出的习性，可采用诱杀成虫的方法。棉铃虫的成虫以晚上7~9时和清晨3~5时活动最盛。在小面积育苗地中，利用棉铃虫成虫对新枯萎的杨树枝有趋集性，将杨树枝绑成把插入地中，每亩插10把，引诱成虫。每天日出前用塑料袋套把扑蛾。可根据情况，每周更换杨树把1次，连续诱蛾3~4周。在大面积育苗地中，根据成虫有趋光性和趋化性，每20亩安装1个黑光灯，通宵开灯，灯下10~15cm处放置1盆水，水面滴入少量煤油，早晨将盆中的成虫捞出。
四、生物防治
大面积育苗，也可采用放赤眼蜂或喷布Bt制剂的方法进行棉铃虫防治。必要时也可采用人工捏杀幼虫的方法，以减少棉铃虫的危害。
