南瓜褐腐病是一种真菌性病害，作物种植过程中，低温高湿、日照不足、通风不好会发生此病害，此病害最明显的症状就是烂瓜，对南瓜的产量造成严重的威胁。
农业防治：
播种前或移栽前，或收获后，清除田间及四周杂草，集中烧毁或沤肥；深翻地灭茬，促使病残体分解，减少病原和虫原。
和非本科作物轮作，水旱轮作最好。
选用抗病品种，选用无病、包衣的种子，如未包衣则种子须用拌种剂或浸种剂灭菌。
选用排灌方便的田块，开好排水沟，降低地下水位，达到雨停无积水；大雨过后及时清理沟系，防止湿气滞留，降低田间湿度，这是防病的重要措施。
育苗移栽，苗床床底撒施薄薄一层药土，播种后用药土覆盖，移栽前喷施一次除虫灭菌剂，这是防病的关键。
地膜覆盖栽培，可防治土中病菌危害地上部植株。
避免在阴雨天气整枝；及时防治害虫，减少植株伤口，减少病菌传播途径；发病时及时防治，并清除病叶、病株，带出田外烧毁，病穴施药或生石灰。
大棚栽培的可在夏季休闲期，棚内灌水，地面盖上地膜，闭棚几日，利用高温灭菌。
高温干旱时应科学灌水，以提高田间湿度，减轻蚜虫、灰飞虱危害与传毒。严禁连续灌水和大水漫灌。
棚室栽培的，采用放风排湿，控制灌水等措施降低棚内湿度，减少叶面结露，白天控温28~30℃，夜间15℃，相对湿度低于60%。
利用嫁接育苗，可防治该病的大发生。
土壤病菌多或地下害虫严重的田块，在播种前穴施或沟施灭菌杀虫的药土。
施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟的有机肥，不用带菌肥料，施用的有机肥不得含有植物病残体。
采用测土配方施肥技术，适当增施磷钾肥，加强田间管理，培育壮苗，增强植株抗病力，有利于减轻病害。
以上是农业防治此病害的方法，此病害主要危害花和幼果，病菌先浸染萎蔫的花、致花变褐软腐。病菌从瓜蒂浸入后逐渐蔓延到幼果，被害的果实从顶部向下腐烂，在病果上长出黑色大头针状病菌孢子，使果实迅速腐烂。成熟果实染病、局部变褐软腐。
