农业部有机食品标志有机大豆与无公害大豆和绿色大豆的最显著差别是，前者在其生产和加工过程中绝对禁止使用农药、化肥、除草剂、合成色素、激素等人工合成物质，后者则允许有限制地使用这些物质。因此，有机大豆的生产要比其他大豆难得多，需要建立全新的生产体系，采用相应的替代技术。
有机大豆生产的基本要求：生产基地在最近3年内未使用过农药、化肥等违禁物质；种子未经基因工程技术改造过；生产单位需建立长期的土壤培肥、植物保护、作物轮作计划；生产基地无水土流失、环境污染及其他环境问题；大豆在收获、干燥、贮藏和运输过程中未受化学物质的污染；从常规种植向有机种植转换需要有2年以上的转换期，新开垦的荒地例外；有机大豆生产的全过程必须有完整的记录档案；有机大豆在数量上进行严格控制，要求定地块、定产量。
