南瓜不同病虫害要选择不同的农药来防治：
(1)霜霉病：苗期和成株期均可发病，主要为害叶片。叶片染病后叶缘或叶背面出现水渍状病斑，扩大后的病斑呈多角形，淡褐色或黄褐色，湿度大时长出灰黑色霉层，严重时整株叶片枯死。发病初期可用72％仙露可湿性粉剂800倍液或36％露克星悬浮剂600倍液等喷雾防治。
(2)白粉病:病原为子囊菌亚门，瓜白粉菌和瓜单囊壳。6月上旬开始发生，该病以菌丝或分生孢子在寄主上越冬或越夏，成为翌年初侵染源。分生孢子借气流或雨水传播落在寄主叶片上，分生孢子先端产生芽管和吸器从叶片表皮侵入，菌丝体附着在叶表面，从萌发到侵入需24小时，5天后在侵染处形成白色菌丝丛状病斑，经7天成熟形成分生孢子，进行再侵染。白粉病能否流行取决于湿度和寄主的长势，一般湿度大有利于其流行。
防治方法：发病初期，喷洒15%三唑酮可湿性粉剂1500倍液或多硫悬浮剂500-600倍液。技术要点：早预防、午前防、喷周到和大水量。保护地可采取烟雾法，硫磺粉熏烟或45%百菌清烟剂熏。
(3)病毒病：受害植株矮化，叶片呈黄绿镶嵌或变细为蕨叶，产量降低。目前尚无特效药剂，首先应选用无毒种子，还要及时彻底防治蚜虫，如5％高效大功臣可湿性粉剂1000～1500倍液、3％莫比朗乳油1000倍液等；发病后及时喷雾2％菌克毒克水剂200倍液或2％好普水剂500倍液或1．5％植病灵乳剂800倍液等加叶面肥(如云大120水剂等)，均有一定的防治效果。
(4)细菌性缘枯病。该病病原为边缘假单胞菌边缘假单胞致病型，除侵染南瓜外，还可侵染黄瓜。南瓜的叶、叶柄、茎、卷须和果实均可受害，初在水孔附近产生水浸状小斑点，后扩大为淡褐色不规则形斑，周围有晕圈。严重的产生大型水浸状病斑，由叶缘向叶中间扩展呈楔型，叶柄、茎等上病斑亦呈水浸状，褐色。果实染病先在果柄上形成水浸状病斑，后变褐色，果实黄化凋萎，脱水后成木乃伊状。湿度大时病部溢出菌脓。该病的发生主要受降雨引起的湿度变化及叶面结露影响。当湿度上升到70%以上或饱和达6-8小时即可发病，结露时间越长发病越重。
防治方法：用50℃温水浸种20分钟，捞出晾干后催芽播种，还可以用次氯酸钙300倍液浸种2小时或100万单位硫酸链霉素500倍液浸种2小时。冲洗干净后催芽播种。
