有效清除油菜自生是非常重要的。油菜自生苗是在油菜成熟以后，因自然散荚和田间堆放、打、晒等，遗漏部分籽粒会落入土壤中，当遇到适宜的条件，就会陆续在当地秋季、次年或更长时间萌发和出苗。如不加以清除，将会影响油菜的产量和品质。自生苗与播种苗争地争肥、争光争水，与正常的油菜秋播苗形成强烈的竞争关系，不利于油菜生长发育，使之失去秋发冬壮的有利条件。
可采取如下措施防除。
①有条件的尽量采用轮作，最好是水旱轮作，避免与十字花科作物连作。通过轮作削弱土壤中残落的油菜种子的生活力，或者在冬季改种一季其他作物，并在管理时用除草剂灭除油菜自生苗，为下年油菜秋播清除隐患。
②在油菜播种前用芽前除草剂进行除草和杀死自生苗。
③加强移栽油菜苗床田的选苗和除杂，不让苗床的自生苗带入田间。直播油菜在定苗前要认真除杂去掉自生苗，以保证油菜的整齐度和纯度。
④适时收获。尽量在油菜成熟破荚前收获，最好将割下的油菜抱出田外摊晒、脱粒，不让籽粒掉落田间。
⑤使用充分腐熟沤制的农家肥，防止通过肥料带入自生油菜苗种子。
