实行综合防治可以增强水稻自身的抵抗能力，恶化病虫发生环境，从而有效地控制病虫害。综合防治还可以减少环境污染，保护人类健康，确保水稻增产增收。
1、农业防治
农业防治是防治病虫害的基础。农业防治措施主要有减少病虫源、选择抗性良种、培育壮秧、合理施肥、科学用水等。
1.1减少病虫源
减少病虫源是农业防治的重要措施。及时处理病株是减少病源的有效办法。平时发现病株要及时拔除，收获时把病株烧掉。收获后，及时犁田耙耕，可以消灭残留在稻茬或土层内的害虫和虫卵。开春3月中旬前，是化蛹盛期，灌水耙田沤田，浸死越冬的幼虫和蛹。
不同作物，危害它们的病虫害不完全相同，实行水旱轮作，可以减少病虫源的积累。
1.2选用抗性良种
选用抗病性好的优良品种是预防病虫害的有效措施。要根据本地的病虫害情况选择。另外还要注意经常更换品种，长期大面积种植单一品种，会造成该品种抗性降低，导致病害流行。
1.3培育壮秧
培育健壮的秧苗，是预防水稻病虫害的基础。秧苗健壮，移栽后水稻对病虫害的抵抗力强。
1.4合理施肥
合理施肥可以减少病虫害的发生。
施肥时要尽量多施有机肥，有条件的地方可以施用沼肥。施用化肥时，要注意氮、磷、钾肥的施用比例。不要偏施氮肥，过量施用氮肥禾苗柔嫩贪青，容易招虫惹病。适量增施钾肥可以使稻叶老健不披垂，既改善稻株营养状况，又增强抗病虫能力。
1.5科学用水
科学用水也能减少病虫害的发生。科学用水就是要合理地灌溉。水稻生长过程中，用水时要做到“浅水插秧，寸水回青，薄水分蘖，够苗晒田，抽穗扬花时，回浅水灌溉，后期干干湿湿到老熟”。
2、生物防治
生物防治就是利用生态调控技术，实现病虫害区域治理，形成有利于作物生长，有利于害虫天敌生活的环境，不利于病虫繁殖生活的环境。
可以采用以下措施进行生物防治：工厂化饲养天敌，释放到田间；应用生物类农药取代高残留化学农药；利用昆虫性信息素干扰害虫雌雄交配，降低害虫繁殖力；采用生态种养模式。
2.1工厂化饲养天敌
工厂化饲养天敌就是，在实验室或工厂饲养寄生性天敌和捕食性天敌，然后释放到田间，达到以虫制虫的目的，效果很好。
2.2应用生物类农药
用苏云金杆菌等生物类农药取代高残留化学农药，既不污染环境，又能有效地防治病虫害。
2.3干扰雌雄交配
在害虫羽化期，把性引诱剂的诱芯挂在田间诱盆上，盆里盛肥皂水，当雄虫靠近诱芯，就会掉入水中。可以大大减少雌虫交尾机会，降低害虫繁殖力。
2.4采用生态种养模式
稻鸭共育种养结合就是一种很好的生产模式。中国水稻研究所的科研人员对稻鸭共育防治病虫害进行了试验，表明：鸭子对稻田稻飞虱、二化螟虫、叶蝉有明显的捕食作用，共育稻田可以不用或少用杀虫剂。
而且稻鸭共育，鸭子在稻丛中间穿行，踏除老黄叶，改善了水稻基部的通风透光性，可以减轻纹枯病的蔓延和危害。
3、物理防治
采用一些物理防治措施也能有效的预防和杀死一些害虫。例如利用灯光诱杀害虫、用各种捕虫网捕杀害虫等。
4、化学防治
化学防治就是用药剂防治病虫害。大量施用农药，容易造成环境污染，还会伤害天敌，破坏稻田的生态平衡，因此，必须科学用药。首先要掌握准确的病虫害预测和预报；用药时要注意抓住重点，兼顾一般；另外还要合理地选用农药，并注意适期、适量用药。
4.1准确的预测和预报
准确的病虫害预测和预报是实现科学用药防治病虫害的基础和前提。根据预测预报，对达到防治指标的田块用药，未达到防治指标的田块，坚决不用药。
4.2抓住重点，兼顾一般
用药时要抓住重点，兼顾一般，以水稻生育期为中心，主攻一、两个重点防治对象，兼治其它病虫，能挑治的不普治，能兼治的不专治。
4.3合理选用农药
要合理选用农药，尽量选用高效、低毒、低残留的对口农药。禁止使用拟除虫菊酯类及其混配农药，水稻后期严禁使用甲胺磷等剧毒、高毒农药。
4.4适期、适量用药
适期、适量用药就是要根据当地《病虫情报》，结合田间调查，确定防治期；还要注意农药使用的有效剂量，不能随意增加用药量；同时需要采用正确的施药方法，如防治稻瘟病、卷叶螟等叶面病虫，应该使用低容量或超低容量喷雾。防治稻飞虱、纹枯病等茎下部病虫则用粗水喷雾。防治对象基本相同的农药要轮换使用，避免病虫产生抗性。
水稻病虫害综合防治技术，不但可以减少农药用量，还能明显改善稻田生态环境，确保水稻丰产增收，社会、经济、生态效益十分显著。
