草莓根腐病有草莓疫霉病原引起的和丝核菌病原引起的，前者主根中心柱呈红褐色，又称草莓红中柱根腐病，这两种根腐病由于致病的病原不同，所采用的药剂也不同，防治方法也不同。不少种植户都采用防治普通根腐病的药剂防治，结果对红中柱根腐病就没有很好的防治效果。
草莓红中柱根腐病由草莓疫霉病原引起，要用600倍58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂水溶液，或600倍64%杀毒矾可湿性粉剂水溶液，或800倍72%霜脲锰锌可湿性粉剂水溶液，或500倍72%普力克水溶液，或1000倍69%安克锰锌水分散粒剂水溶液等进行灌根防治。
由丝核菌引起的草莓根腐病，是普通的根腐病，则可以用400倍25%恶霉灵水溶液，或300倍10%立枯灵水溶液，和1000倍5%井冈霉素水溶液，或800倍枯草芽孢杆菌可湿性粉剂水溶液，或1000倍20%甲基立枯磷乳油水溶液，或800倍50%福美双可湿性粉剂水溶液，或600倍50%敌磺钠可湿剂粉剂水溶液，或者800倍50%五氯硝基苯可湿性粉剂水溶液等进行灌根防治。一般每5~6天淋灌一次，连续淋灌2~3次，每次每株淋灌0.5~1公斤药液，即可控制发病，并使患病植株恢复正常生长。
