据《农药电子手册》，目前登记用于稻曲病防治的药剂中，单剂有络氨铜、琥珀胶肥酸铜、松脂酸铜等铜制剂，三苯基乙酸锡等锡制剂，己唑醇、三唑醇等唑类杀菌剂；复配剂有井冈霉素与蜡质芽孢杆菌（10%井•蜡芽悬浮剂）、三唑酮（15.5%井•酮可湿性粉剂）、烯唑醇（12%井•烯唑可湿性粉剂）、腈菌唑（8.5%腈菌•井可湿性粉剂）、氧化亚铜（42%井•氧化亚铜可湿性粉剂）的复配剂，三唑酮与多菌灵（40%多菌灵•三唑酮可湿性粉剂）、三苯基乙酸锡（20%苯乙锡•酮可湿性粉剂）、氧化亚铜（28%酮•氧亚铜可湿性粉剂）的复配剂等。
井冈霉素与蜡质芽孢杆菌的复配剂为纯生物源农药，适用于无公害稻米生产；锡制剂等用量过大容易造成稻米重金属元素残留，三唑酮等唑类杀菌剂在水稻破口前用量过大容易造成水稻抽穗困难和结实不良，生产上应严格按使用说明用药，不能随意加大用药量。
碱式硫酸铜制剂铜高尚、多菌灵与咪鲜胺的复配剂在稻曲病防治上也有良好的防效。其中含咪鲜胺的药剂对稻曲病有一定的治疗作用，即使因连续阴雨等错过破口前5～7天这一用药适期，只要在水稻齐穗前用药，也有较好的防治效果。在田间大部分稻曲病病粒刚露出淡黄绿色小菌块时（大致在水稻破口后15～20天）喷施铜高尚，能将病粒上菌块中的病菌杀死，使其在天晴时干缩、脱落，大大减少田间稻曲病病粒球的数量。
