种菇后的废料含有较多的病菌，一般不要施在棉花、西瓜田内，以免病害加重，但可以施在小麦、玉米、大豆等粮食作物田中。种菇时，为了调节菌料的酸碱度，一般都使用石灰水。但菇在生长过程中，对石灰水中钙离子吸收较少，因此在盐碱地中尽量少施，以避免碱性增加。由于种菇后的废料中含有较多的钙离子，而这些钙离子易和磷肥中的有效成分结合，形成不易被作物吸收的磷酸钙，造成磷的固定，使肥效降低。因此，种菇后的废料不能和磷肥混用。为了杀灭栽培料中的杂菌，常使用一些杀菌刑。由于这些杀菌剂在棉籽皮中有一定的残留，使用时不要和菌肥混合使用，以免降低菌肥的作用。
