黄瓜烂根有多种情况引起，但是主要是由两方面原因造成。一是栽培的因素而引起，如：苗龄过长，定植时根部已受到损害。后来栽的又比较深，新根长时间喷不出来，引起的烂根；又如：施的有机肥未经腐熟，定植后引起了烧苗，造成了根部腐烂。另一类原因是病菌的侵染。如：根腐病菌、绵疫病菌的侵染。一般来说根腐病和绵疫病的发生，往往和根系的抵抗力低下有关，因此，与苗子是否健壮也有一定的关系。
因此要在分析原因的基础上，进行治理。找良药是第二位的。具体的防治方法是：
1.要培育壮苗，适时定植。如果苗龄过长，宁可将茎下端盘在土面，也不要埋的太深。
2.一定要施用腐熟好的有机肥，作为基肥。以免烧根。
3.尽量使用穴盘育苗，便于防治烂根，可以避免烂根的发生。
4.根据墒情适当的中耕，促进新根的发育。
5.如果是有病菌引起发病初发病初期，在清除中心病株后，及时进行药剂防治。如果是根腐病，发病初期可选用药液灌根。如：50%多菌灵可湿性粉剂或36%甲基硫菌灵悬浮剂500倍液、此外可用10%双效灵水剂200倍液灌根，每株灌兑好的药液250毫升，隔7～10天1次，连续灌3～4次。如果是绵疫病菌可选用72%克露可湿性粉剂600-800倍液、65%安克锰锌可湿性粉剂600-800倍液、72%克霜氰可湿性粉剂600-800倍液、72.2%普力克水剂800倍液和50%安克可湿性粉剂1500-2000倍液。每株灌兑好的药液250毫升，隔7～10天1次，连续灌3～4次。
