多雨地区或多雨季节，常因连降暴雨或洪水浸没，棉田积水深，积水时间长，以至老叶沾泥、嫩叶枯黄、主根发黑、毛根渍死、花蕾脱落。如果棉茎和顶心呈青绿色，说明棉株仍有生机，对于这样的棉花要加强管理，具体措施如下：
抓紧时机洗苗、排水趁水还没退完，抓紧洗苗，水退到哪里，就洗到哪里。把叶片、茎秆上的糊泥洗净，以恢复叶片正常的光合作用功能。要开好沟，及时排除棉田积水。
突击扶好棉株受涝棉株如不及时扶理，将造成烂叶、烂蕾、烂铃。
适时中耕、培土和追肥松土破板，上喷下促。待棉田土壤稍千后及时中耕松土，以利通气，深度至少要达10厘米——12厘米。待一段时间，再中耕第二次，同时要视苗情适当培土。还要追施一两次速效氮肥，每亩追施尿素5公斤——8公斤；为弥补营养不足，还可外用0．2％磷酸二氢钾加1％尿素混合液进行叶面喷施，促进棉株生理功能早日恢复。
控制徒长、晚熟受涝后的棉苗，因湿度大，生长快，对于有徒长趋势的棉苗，要根据不同情况，适时喷施缩节胺进行化控，塑造理想株型。受涝后的棉株，发育迟缓，晚桃多，极易贪青晚熟。在生长后期要适时喷洒乙烯利，可促进其早熟。
认真搞好整枝对下部没有蕾铃及叶片发黑的果枝要剪去，及时抹掉赘芽；对没有顶心的棉株，每株可留两个果枝，形成“双秆棉”。
加强病虫防治受涝棉苗易感立枯病、炭疽病、疫病等。这时可喷洒50％多菌灵一两次，或使用适当浓度的波尔多液进行防治。对虫害，应及时进行综合防治。
