受菜农育苗设施的限制，各类低温病害在西瓜苗期发生很多，每年都有很多菜农育苗失败，不得不买苗、借苗，甚至换茬种植其他蔬菜。想要育好苗，关键就是做好病害的预防，等到病害发生后再防治，损伤已经造成，即使治好也不如正常苗子。
1.改善设施条件，提高保温性
墙体覆盖秸秆、薄膜等，草帘更换新的或多层覆盖，增强棚室保温性，必要条件下棚内设置火炉、电暖风等提高温度。遇有连阴天时注意人工补光，使用LED灯、高压钠灯等专用补光灯。
2.降低棚内湿度
西瓜棚内铺撒生石灰、秸秆等吸湿，降低棚内湿度。在提高棚温的基础上，分次合理通风，减少气害，降低湿度。
早用生物菌剂等功能性产品，提高苗子抗逆性
育苗时，在基质中拌入或砧木出苗时喷洒生物菌剂，如益禾园微生物菌剂等；出苗后，连续喷洒甲壳素500倍，可提高植株抗病性，减少病害发生。
3.加强重点时期防控
嫁接前后，间隔3-5天，分别喷洒恶霉灵、氯溴异氰尿酸、加瑞农等预防病害。
病害发生后，则应尽早对症用药，菌核病可选择扑海因、腐霉利、咯菌腈等喷洒防治，炭疽病可选择咪鲜胺、甲基硫菌灵等防治，细菌性病害则可选择加瑞农、噻唑锌等防治。
