一、发菌期管理
1、温度。黑木耳为中温型食用菌，菌丝生长适温为22～28℃。生产实践中，接种初10～15天培养室温度以25～28℃为宜，15天后降温至25℃，防止烧菌，促进菌丝加快生长，吃料快。当菌丝吃料2/3袋时，降温至22℃，使菌丝生长健壮。当菌丝长满袋时降温至20℃，继续培养10天左右，菌丝由营养生长转入生殖生长。
2、光照。菌丝生长不需要光，光强菌丝易老化，并易长耳芽，所以菌丝生长必须在黑暗条件下培养。
3、通风、换气。加强通风、换气，保持室内空气新鲜，干燥或湿度大易发生后期污染。每周翻堆（或倒架）一次，以免烧菌。
二、开出耳口与催耳芽
1、开出耳口。用5%石灰水擦洗菌袋，待菌袋表面干后，每袋开“V”字形出耳口12～15个；钉子口、“一”字形出耳口80～100个。开出耳口时一定要划破菌膜，一般深0.3～0.5cm，使新鲜空气进入，刺激原基分化，有利于形成耳芽。
2、催耳芽。菌袋开出耳口后，将菌袋摆放于畦床中，袋间距10～12cm，菌袋上面盖草帘，向草帘上喷水、保湿催耳芽，在适温下10～15天可见耳芽。黑木耳对温度适应性较强，子实体分化及发育最适温度为20～24℃。
三、展耳期管理
1、调节湿度。初期因耳片抗逆性差，要勤喷、轻喷、细喷水，使空气相对湿度保持在85%～90%，保持耳片湿润不卷边为宜。当耳芽长至扁平或圆盘状时，应适当加大喷水量，将空气相对湿度提高至90%～95%，防止耳片蒸腾失水，促进耳片迅速生长。但要注意干湿交替管理，使耳片健壮生长。耳片成熟前夕，宜减少喷水，空气相对湿度降至75%～85%，不仅能控制孢子弹射，而且耳片干净无水，不易烂耳，肉质肥厚，有弹性，增强子实体生命活力，并能降低霉菌污染。
2、控制温度。生产实践中，可在适温范围内温度偏低些。展耳期温度以20～22℃为宜，有利于耳片整齐、健壮、耳形好、色泽深、商品价值高。若温度高于25℃，则难以开片，再遇高温天气，子实体呼吸旺盛，细胞分裂加快，干物质积累少，耳片薄、色浅、产量低。若遇高温，可盖草帘并喷水降温，保证耳片生长良好。
3、调节光照。子实体生长需要一定的散射光和直射光，在光照充足的环境里，耳片肉厚色深，鲜嫩茁壮，病虫害少。否则生长缓慢，色浅，商品价值低。所以对覆盖物要定期揭掉，确保充足的光照条件。
4、适当通风。黑木耳要求氧气充足，二氧化碳和其他气体过多对耳片有毒害作用，空气新鲜可避免烂耳，减少病虫害，有利于耳片良好生长。若通风较差或摆袋过密，则耳片不易展开，易形成“鸡爪子”或“团耳”等畸形耳，失去商品价值，且易受污染出现杂菌和烂耳，降低产量。应清除耳场内外一切障碍物，定期揭掉覆盖物，使耳场空气流通，促进耳片良好生长发育。
四、采收
1、采收。出耳芽后，一般在适宜条件下培养15～20天即可成熟，采收前4小时停止喷水。
2、采收标准。耳片充分舒展变软，颜色变浅，耳基收缩，耳边内卷，肉质肥厚，腹凹面见白色孢子粉，应该及时采收。
3、采收方法。用刀（最好是竹片刀）沿袋壁削下，也可将五指捏住耳基轻轻扭下，不留耳基和残片，也不能带培养基，以免发霉污染，影响下一潮耳芽形成和生长。
五、采收后管理
1、清理耳场。清理耳场及病虫残耳，可喷施0.1%～0.2%高锰酸钾或5%石灰水进行消毒灭菌。
2、清理菌袋。将培养基刮平压实。
3、菌丝复壮。采耳后停止喷水3～4天，覆膜（或草帘）使菌丝复壮。
4、再催耳芽。采收5天后喷重水，约10天后又可长出新耳芽。
