一是应尽快排除雨水。棚室灌入雨水后，应在最短的时间内想方设法排除积水，避免大量雨水积攒在种植行里不能下渗而导致蔬菜沤根。有排水条件的棚室可将水引致沟渠，棚室周边没有沟渠的棚室应在第一时间使用抽水机、水带等将棚内积水排到沟渠当中。蔬菜沤根后根系抵抗能力差，非常容易被雨水和土壤中的有害菌侵染。
二是要适时划锄。在排走积水后，棚内土壤见干见湿时及时划锄，以增加土壤的透气性，促进蔬菜根系尽快恢复正常生长。划锄的深度根据蔬菜根系生长情况而异，如刚定植的蔬菜遭到雨水淹，因根系未大面积扩展，划锄的深度可深一些；如苗期根系已经扩展下扎，可将划锄深度控制在3厘米左右，且不要靠植株太近。若是掌握不好划锄的深度，建议远离植株根系后深划锄。
三是要及时用药剂灌根。被淹后的蔬菜为避免死棵，在土壤墒情合适时应及时灌根一次。可用30%的恶霉灵水剂1000倍液或50%的氯溴异氰尿酸1000倍液灌根。灌根时可配合适量的生根剂或甲壳素，如阿波罗963养根素等，促进伤根修复和再生。灌药千万不要使用太高的浓度，否则也容易伤及根系。
四是增施生物菌肥。利用生物菌以菌抑菌的特性，在用药剂灌根7天之后，可随浇水追施。需要注意的是，菌肥不要与杀菌剂同时使用，在杀菌剂药效高峰期内也不能使用，一定要注意两者的安全间隔期。适用的菌肥产品有菌吧、激抗菌968苗期冲施肥、ETS微生物菌剂等。
此外，菜农须及时修补破损棚膜，在棚室两侧设置防雨墙和挡雨膜阻止雨水进棚。
