有机水稻病虫害与常规水稻基本相同，发生较普遍且危害较重的虫害主要有：稻飞虱、稻纵卷叶螟、二化螟、三化螟等。防治须遵照“预防为主，综合防治”的方针，合理应用农业防治、生物防治、物理防治、药剂防治等技术措施进行综合防治。
(1)农业防治
①选用抗病虫水稻品种。这是防治水稻病虫害最经济有效的措施。②改进耕作技术。进行水旱轮作可减轻土仁病虫害的发生；冬季耕翻，能使在土壤中越冬的螟虫大部分死亡，降低来年虫源基数。③精选种子，去除病粒，采用盐水或泥水授种去除病粒。④改进栽培技术。适时播种，改进播种方法可避开稻瘟病、稻飞虱、稻纵卷叶螟、三化螟等病虫高发期；适当稀植改善田间通风透光条件，可减轻稻瘟病、纹枯病的发生；合理施肥，加强肥水管理，能增强水稻的抗病虫能力。
(2)生物防治
①保护和利用自然天敌。利用现有自然天敌：蜘蛛、寄生蜂、黑肩绿盲蜻、蛙类等可显著控制稻飞虱、叶蝉等害虫的种群数量。②稻鸭共育。通过稻鸭共育可控制田间害虫特别是飞虱等中下部害虫的发生数量，减轻纹枯病等的发生。③利用微生物防治病虫。用杀螟杆菌、苏云金杆菌、白僵菌等防治水稻螟虫；用井岗霉素防治纹枯病；用春雷霉素治稻瘟病；用四霉素防治稻瘟病、纹枯病、立枯病等。
(3)物理防治
①安装频振式杀虫灯(2hm2左右1只）诱杀田间趋光性害虫。②投放性诱捕器，诱杀田间趋化性害虫。③人工及机械捕捉，采摘卵块，拔除枯心团。
(4)药剂防治有机水稻生产中，药剂防治只有在农业防治、生物防治、物理防治等效果不理想或病虫害大发生的情况下应急施用。选用经有机认证机构认可的生物农药和植物性农药。
