小麦黑穗一般是小麦的腥黑穗病，小麦腥黑穗病是以病菌的冬孢子粘附于种子表面或落在土壤中越夏越冬，也可以在粪土中越夏。病菌的冬孢子通过牲畜的肠胃并不死亡，以后随粪便的排出进入粪肥。小麦播种后，冬孢子与麦种同时发芽，从小麦刚萌动的幼芽侵入，并进入生长点，以后随麦株发育而发展，到孕穗期侵入幼穗子房，抽穗后形成病穗。小麦腥黑穗病也是幼芽侵染型的系统性病害，一年只有一次侵染。因此，初侵染源数量的多少是影响发病轻重的主要因素。
如果要作种子用需进行种子处理，药剂拌种用15%粉锈宁可湿性粉剂100g兑水2-3㎏晾干后播种。多菌灵可湿性粉剂，按种子量的0.2%拌种，或用70%托布津可湿性粉剂按种子量的0.1%-0.2%拌种，也有一定的防治效果。常年发病较重地区用2%立克秀拌种剂10-15g,加少量水调成糊状液体与10㎏麦种混匀，晾干后播种。
带菌粪土是土传病害一种很重要的传播渠道，提倡堆沤农家肥时不用病残体原料，施用无病腐熟净肥，以切断粪肥传染源。
土壤药剂处理也是防治小麦腥黑穗病等土传种病害的好方法，对重病田效果更为明显。重病田应采取药剂拌种加土壤处理双管齐下的办法。每亩可选用50%多菌灵可湿性粉剂或70%甲基托布津可湿性粉剂1-1.5㎏兑细土45-50㎏，拌匀后制成毒土，在犁地后均匀撒在地面，再耙地，进行土壤消毒处理，然后播种。
小麦腥黑穗病发生区应实行与马铃薯等作物的轮作，才能收到较好的防效。
