所谓农业防治就是利用生产中的各项GAP优质高产栽培管理技术来控制病虫害的发生，这是防治病虫害的基础措施。这类防治措施不需要单独的投资，结合栽培管理措施，既能提高药材的产量和质量，又能控制病虫害，从长远看这是最根本的防治措施。但并不是所有的农业技术措施都有防治病虫害的作用，有的农业技术措施还可能促使病虫害的发生。当进行药田管理时，应当考虑每种管理措施可能对病虫害发生的影响。因此，选择合理的耕作制度即能充分利用地力，控制病虫害的发生，从而提高中药的产量和质量。
一、轮作
轮作可以防治土壤、病株残体等传播的病害，如红花枯萎病、茄绵疫病、罗汉果根结线虫病等。对这类病害轮作田病轻，连作田病重。故轮作可以减轻土传病害的发生，使病害保持在一个较低的水平。
轮作对于土壤传播和田间病株残体传播的病害有较好的防病效果。对于能在土壤中腐生的病菌的防病效果较差。
轮作年限的长短，一般根据病原物在土壤中或田间存活时间的长短来定。如洋地黄、菊花枯萎病田的轮作年限一般为3～4a，川芎菌核病田轮作1a即可。轮作并不能把病害完全清除，只能减轻病害的发生。所以轮作要与其他防治措施配合，则可提高其防病效果。如配合清除田间病残体，及时翻耕土壤，不施带病菌的粪肥等，则轮作的防病效果更好。
二、整地
整地耙地、深翻土地可以减少在土壤中越冬的病虫。土地整平可以预防田间积水，防止流水传播病害和诱发病害发生。
土地深耕可将地面的病株残体和病虫翻入土中，加速病株残体分解，能减少越冬病虫。有些病菌翻入土中后不能出土而死亡，有些害虫翻到地面，加速其死亡。深耕还可以改变土壤的理化性状。多施有机肥，不要偏施氮肥，增施磷、钾肥，可以改善土壤肥力，提高药材的抗病能力。施足底肥，巧施追肥，不施带有病菌的土杂肥。
三、改良土壤
土壤的结构、理化性质、肥力等对病虫害的发生都有一定的影响。如十字花科药材根肿病多发生在偏酸性的土壤中，在偏碱性的土壤中很少发生。蝼蛄多发生沙质土中，不喜欢粘土。丹参根结线虫病多发生在通气良好的土壤。氮肥偏多的土壤易诱发藿香褐纹病和绵疫病发生。土壤潮湿易诱发各种中药疫病；土壤干旱则促使党参病毒病和首乌花叶病发生等。根据病虫害发生的条件，及时改良土壤，也可减轻病虫害的发生。
四、选好苗床和土壤消毒
最好选没有种过药材的地做苗床，而且土壤要肥沃，便于管理，可以防止土壤和粪肥传播的病害。苗床要选在地势高，便于排灌的地方。床土要肥沃，粪肥要充分腐熟。播种要均匀，不宜过密。播种后覆土也不要太厚，以利出苗。并要做好防寒保温的准备。
用旧床土或用药地做苗床育苗时，一定要换用无病的新土或进行土壤消毒。土壤消毒的药物或用40%五氯硝基苯1份加50%福美双1份混匀；或用40%五氯硝基苯7份加58%瑞锰锌3份混匀；或用50%多菌灵可湿性粉剂都可以。每平方米用药8～10g。具体消毒方法是按苗床面积大小称取药量，先用少量细干土与药粉混匀，然后再加10～15kg细干土，充分混匀，配成药土。播种前苗床要先浇透底水，待水渗下后，用1/3的药土撒在床面，然后播种，播种后再将剩下的药土覆盖在种子上面。此外，也可以用福尔马林消毒。
苗床管理要特别注意控制苗床温湿度，预防苗床病害发生。在苗床管理过程中要注意防止传染病毒病，适当蹲苗，喷洒生长素，提高药材抗病力，还要注意防治地下害虫。
五、选择抗病优质高产良种及种子消毒
在药材生长上种植优质高产品种是提高中药产量的重要措施之一。但是有些品种高产不抗病，甚至高度感病，在病区种植这些高感品种，可能导致病害严重发生，造成减产。因此，在选择品种时，一定要注意品种的抗病性，在病区不要种植高感品种。
中药品种抗病性的强弱区别于品种不同，故抗病强弱也不同。分别有免疫品种、高抗品种、抗病品种、耐病品种；还有感病品种、高感品种等。对这些品种的选择标准首先是要高产与抗病。因为优良品种能大大提高了产量和品质。但是我们还要看到，在品种选择与推广过程中，有些品种抗病，能控制病害的发生流行；有些品种感病，又能导致病害的发生流行。故高产优质抗病的品种有相对比较理想的品种，但是要育出这样十全十美的品种是很困难的，在育种过程中往往有所得，也有所失。因此，根据每种中药品种抗病虫的能力、产量高低、品质好坏各不相同，要选择适合当地种植的高产、优质、抗病品种，这是防治中药病虫害的措施之一。
抗病品种在防治病害中虽然重要，但是它不是万能的，并不能解决所有的中药病虫害问题。要保持品种的抗病性，发挥品种抗病性的作用，就要注意解决以下问题。
①鉴于抗病品种不是万能的，也会丧失抗病性，有的抗病性不强，有的抗某种病害而感染另一些病害。因此，要科学利用抗病品种，且要配合其他的防病措施，才能充分发挥品种抗病性的作用；
②不要长期种植一个品种，品种要轮换种植和搭配种植；
③要年年选种，保留抗病品种的种性；
④良种良法一起推广。即推广抗病品种时要采用相应的GAP优良栽培方法。此外，在做好高产抗病良种选择的同时，还要做好种子检验工作。对从外地引进的药材种子要进行检验，以防止外地危险病虫引进来。如调进中药块根种薯要注意防止癌肿病、粉痂病、黄化矮缩病、人参金线虫、天麻块茎蛾等的传人。还有十字花科类根肿病、半夏溃疡病、贝母星黑病等也要注意传入。因为许多中药的病虫害是通过播种带有病菌的播种材料（种子、种薯等）而传播给下一个生长季节，还可以通过调运带有病菌的种苗而向外传播。
因此，选用不带病菌的播种材料播种，是防治作物病害的重要措施之一。常用的种子消毒方法有：
1．药液浸种按一定的浓度配成药液，然后将种子浸入药液中经一定时间后捞出即可。如番茄种子用清水浸泡3～4min后，再浸入10%磷酸三钠液中浸泡20～30min，捞出后用清水冲洗干净，即可清除种子所带的病毒。
2．温汤浸种如艾子种子在55℃温水中浸种10min即可杀死种子上的褐纹病菌。
3．药粉或药灰拌种取一定量的药粉或药灰拌在种子上即可。
4．药土垫种或盖种
