棚室樱桃应注重修剪。在撤除薄膜的同时要及时回缩树冠，进行重强度修剪，修剪口应及时涂抹愈伤防腐膜保护伤口组织愈合，防止病菌复制感染，同时在棚内适时喷施护树将军杀菌消毒，减少病菌源。
1.细剪各个枝组。要细致修剪主枝与主干上着生的各个枝组、枝条，疏除密生的鸡爪枝、直立枝、重叠枝、外围竞争枝，重短截中长枝，保留平斜中庸枝组。
2.培养新结果枝。树体经过重剪后，、新枝，对部位适宜者应注意培养成新的主枝或结果枝组；对部位不适宜的须及时除萌，清理层间。
3.回落中央领导干。此法可使每株樱桃树冠的总体高度分别下降50～80厘米，防止树体越长越高，影响室内通风透光条件。
4.剪截、疏除主枝。要重截强主枝、中截中庸主枝，让其回缩至中部或后部的分杈处，重新培养、发展成主枝。