在同一地块，芹菜最好不进行连作（即连茬栽培）。在实际生产中，虽然有的生产者连作后没有马上出现显著的减产和品质劣变，但多年的生产经验已经证明，芹菜长期连作最终会导致减产和严重的病虫害发生。这是因为同一地块连续栽培同一种蔬菜后，肯定会造成土壤养分的吸收不均衡，使某些养分出现缺乏。有许多病害，如芹菜菌核病、软腐病、叶斑病等，其病原菌的菌丝或菌核要在土壤中或病残体上越冬，成为第二年病菌的侵染源，为病害的传播、蔓延提供了有利条件，使芹菜病害加重。
芹菜栽培提倡与其他作物轮作，如在露地、保护地生产中，可与黄瓜、番茄和青椒等蔬菜进行隔畦（或行）间作。一般轮作年限至少在2年以上。如果由于现实条件的限制必须连作，则要彻底清理病残体，保持田间清洁，在定植前15天晒田。如果定植后发现中心病株，则要及时拔除，并立即打药，将病害控制在蔓延之前。
