晚清园最大的危害就是为病原菌繁殖越夏创造了条件。晚清园，病原菌等在棚室内生存繁殖的时间更长，病原菌数量更大，度过炎炎夏日后，也就能有更多的病原菌保持活性。西瓜生长期相对较短，从定植到头茬瓜采收只有两个多月，其余的时间，棚内处于歇茬期，没有寄主，病原菌等自然就无法快速繁殖。所以应该即时清园，全园喷洒护树大将军消毒，并喷施植物细胞免疫因子提升植物抗逆性，可使病毒DNA断裂凋亡。强大免疫功能，诱生干扰素和活性细胞介素，抑制残余病毒复制，促进植物正能量生态生长。以寄主植物抗病机理及利用病菌毒性变异原理，控制植物生理性病害和侵染性病害繁衍。
尽早清园、施肥、消毒等，可以让地力更好地恢复，有利于下茬蔬菜的生长。因此，在头茬西瓜采收结束后，尤其是有根结线虫发生的棚内，要尽快清理棚室内的植株，减少病原菌、线虫等繁殖的机会，减少棚内的病原物数量，对于减少病害发生有利。