有机肥矿质养分含量较低，肥效较慢，但养分含量齐全，肥效持续时间长，又不易造成土壤盐类积聚，因而是温室蔬菜施肥的主要种类，量大，多作基肥使用。有些生长期长的蔬菜如茄子、番茄、黄瓜、甜椒等也可用部分有机肥作追肥，如在植株生长前半期追施人粪尿、饼肥等。
化肥矿质养分含量较单一，但相对含量较大，养分释放速度快，肥效持续时间短，生产中用量较少，温室生产为减轻土壤盐害及蔬菜中硝酸盐积累污染等，更要控制化肥用量，因而化肥多作追肥施用，化肥中的磷、钾肥也有相当数量作基肥，多在定植沟中集中施用。
生产上追肥多在蔬菜的需肥关键期之前3～7天进行，不同种类的蔬菜需肥关键期各异，施肥时期也应依蔬菜种类而定。果菜多在果实坐住后膨大前及时追肥；根菜、白菜等以营养贮藏器官（肉质根、叶球等）为产品的蔬菜要在产品器官肥大初期追肥；叶菜则要在叶丛旺盛生长期追肥。
