病原菌为瓜链格孢，属半知菌亚门真菌。
甜瓜叶枯病病菌主要危害叶片。真叶染病初见褐色小点，后病斑逐渐扩大，轮纹不明显，但病健部边界明显，病斑边缘呈水渍状，发病后期几个病斑汇合成大斑，致叶片干枯。果实染病的症状与叶片类似，病菌可侵入果肉，导致果实腐烂。
