龙眼树的根系与很多常绿乔木一样，由主根、侧根和吸收根组成。主根、侧根主要起支撑树冠、输送和贮存养分的作用。吸收根由须根和毛细根组成。据观察，龙眼树吸收根的生长发育在1年之中有3个活动期：第一个活动期在3月下旬至4月下旬，此活动期根系的生长量较少；第二个活动期在5月中旬至6月中旬，也是一年中根系的生长高峰；第三个活动期在9月中旬至10月中旬，根系的生长次于第二个活动期。
首先，根系的生长活动受地主部分，主要是枝梢的生长和结果的影响最大。根系生长活动高峰出现的迟早和强弱，通常都在各期枝梢的生长高峰之后显示出来。这是由于枝梢的生长情况及光合作用的差异对根系的发育有很大关系，而当年结果的多少又与新梢的新根的生长有密切关系。凡当年结果多的树，其新梢和新根的生长有密切关系。凡当年结果多的树，只有待果实采收后，新根的生长才有所回升。因此，适当控制结果量可以减轻树体在养分方面的负担，促进枝梢的生长发育，进而促进根系的生长发育。生产实践表明，通过修剪、肥水管理可以使枝梢、花果和根系三者均衡生长发育，这是形成连年丰产稳产的基础。
其次，根系生长发育还受环境因素的影响，主要表现在土温和水分方面。据观察，土壤温度在5.5～10℃时根系活动很弱,随土温的升高，根系活动加快；当土温在23～28℃时，根系生长发育最快；当土温升至29～30℃时，根系生长缓慢；当土温高达33～34℃时，根系则表现出休眠状态，停止生长。在土壤水分含量较高时，根系生长较快；反之，根系生长较慢，甚至停止。因此，早期保持果园土壤水分是龙眼栽培的重要措施之一。可以用经常耕翻的办法来改善和调节土壤的水、温、气、肥的关系，以促进根系生长，打好丰产、稳产的基础。
