1、优选种子：在收获前应进行株选，选取蒴稠籽饱、成熟期一致、生长健壮、无病虫害的植株，单打单晒，单收单藏。在此基础上进行粒选，常用的方法有两种：一是风选，用风车或簸箕，除掉秕籽、小籽和杂质；二是水选，播前选晴天，用清水漂选，除去浮在水面上的秕籽和杂质。
2、晒种：在播前晒种，可以将种子从休眠状态中催醒，提高其生活能力，增强发芽势，从而促进出苗整齐和幼苗生长健壮。一般在播前1~2天在阳光下暴晒种子，但切忌在水泥地面和金属容器内晒种，以免高温杀伤种子。
3、种子消毒：为了预防病虫害，须进行种子药剂处理，杀死芝麻种子所带的病菌、虫卵和预防土壤内的病原感染（具体方法见病虫害防治部分）。
经过以上的种子处理后，还须作种子发芽试验。发芽率在90％以上为安全用种，70％以下者不可采用，如无种子更换，就必须加大播种量。
