1.冬季结合修剪，彻底清除枯枝落叶及落果，减少越冬菌源;容易积水,树势偏旺的果园,要注意排水;修剪时疏除密生枝、下垂枝、拖地枝、改善通风透光条件，剪枝口及时涂抹愈伤防腐膜保护伤口愈合快；增施有机肥料，避免偏施氮肥，提高抗病能力。
2.施药防治。果树发芽前，喷施4~5度石硫合剂+护树大将军；对细菌性穿孔病，用农用链霉素50~100毫克/升+新高脂膜500倍液防治;对真菌性霉斑穿孔病,可用70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液,或50%多菌灵可湿性粉剂800倍液+新高脂膜500倍液喷雾防治。发病严重的果园要以防为主，可在展叶后喷1~2次。