育苗肥。营养土的配制可以按体积比用1/2的菜园土与1/2的腐熟或半腐熟堆肥混匀后做营养土，并掺入过磷酸钙。在出苗后30天左有，酌情追施一次低浓度氮肥，追施腐熟的稀人粪尿。
基肥。由于芹菜根系浅，栽培密度大，在定植前整地时一定要施足底肥。施入有机肥，过磷酸钙，硫酸钾+植物电子肥。
提苗肥。一般在定植后缓苗期间追肥，缓苗时植株生长很慢，为了促进新根和叶片的生长，可施一次提苗肥，随水追施硫酸铵，并喷施新高脂膜可有效防止地上水分不蒸发，苗体水分不蒸腾，隔绝病虫害，缩短缓苗期，快速适应新环境，健康成长。
分次追肥。从新叶大部分展出到收获前植株进入旺盛生长期，叶面积迅速扩大，叶柄迅速伸长，叶柄中薄壁组织增生，芹菜吸肥量大，吸肥速率快，要及时追肥。第一次追施尿素，硫酸钾。第一次追肥半月以后，芹菜进入旺盛生长期，细小白根布满地面，叶色鲜绿而发亮，叶面出现一些凸起，这时进行第二次追肥。再过15天左右进行第三次追肥，并在生长期喷施蔬菜壮茎灵可使植物杆茎粗壮、叶片肥厚、叶色鲜嫩、植株茂盛，天然品味浓。同时可提升抗灾害能力，减少农药化肥用量，降低残毒。
巧施微肥。氮肥和钾肥每次施用量不宜过多，土壤中氮、钾浓度过高会影响硼、钙的吸收，造成芹菜心叶幼嫩组织变褐，并出现干边，严重时枯死。在植株缺硼时还容易产生茎裂，茎裂多出现在外叶叶柄的内侧。心叶发育时期缺硼，其内侧组织变成褐色，并发生龟裂现象。叶面喷施0.5%的硼砂水溶液+新高脂膜可避免茎裂的发生。
