棉花苗期危害最重的是立枯病、炭疽病和猝倒病三种病害。防治措施应把好药剂保苗“三道关”，即采用包衣种子、药土盖种、药液护苗。包衣棉种具有出苗率高、防病效果好等优点，使用包衣棉种是培育壮苗的重要措施。采用营养钵育苗，做到湿钵、干籽、湿润盖籽灰播种，即将包衣棉种播入营养钵后，立即用湿润药土盖种。每100公斤火土灰或过筛细土中加入100克拌种双或多菌灵，充分拌匀后盖籽。出苗后用药液护苗3次；第1次在齐苗时喷波尔多液或铜氨杀菌剂250倍液，或绿得宝500倍液；第2次在第1片真叶展开时喷拌种双或代森锌800倍液，或冠菌铜500倍液；第3次在2叶1心时喷多菌灵或退菌特1000倍液，或可杀得2000倍液，均用粗水喷雾淋苗，使棉苗的叶、茎、根都沾上药液，使棉苗茎叶表面形成一层保护药膜，以确保棉苗不受病菌侵染。棉苗移栽时，棉田要做到深沟高垄，主沟、垄沟和围沟配套，雨后沟中无积水。
棉花苗期害虫主要有局部发生的小地老虎、棉蓟马和棉蚜。在地老虎被害株率达3%或断苗率达2%的棉田，每亩用敌百虫50克加棉枯粉3.5公斤制成毒饵，于傍晚撒施，或用地虫通杀1500倍液行间喷雾，蚜虫为害时用蚜虱净3000倍液喷杀。
