一、苦瓜根腐病的病原以菌丝体、厚垣孢子或菌核在土壤中及病残体上越冬。病原可在土中存活5-6年，成为主要侵染源。病原从根部伤口侵入，在病部繁殖后借雨水或灌溉水传播蔓延，再侵染。
二、在高温、高湿利其发病。连作地，低洼地，黏土地或下水头发病重。
