大蒜根系分布浅，根毛少，吸肥能力弱，对基肥的数量和质量要求比较高。基肥要以有机肥为主，有机肥料通常是指猪圈肥、人粪尿、鸡鸭粪、厩肥、饼肥、堆肥等。这些肥料养分全面，含量高，肥效长，作用大。根据大蒜需肥较多的特点，基肥施用量是否充足，直接关系到大蒜蒜头的商品性和植株的越冬性能，因此在生产上应尽量施足基肥。大蒜的基肥施用量应根据大蒜的目标产量和形成单位产量的吸肥量等多种因素综合考虑。一般每亩产蒜头1000～1500千克时，要求施用猪粪尿2500～3000千克，或厩肥4500～5000千克，也可用人粪尿500～750千克。有条件的可每亩施用棉籽饼50～100千克，或豆饼50千克左右。也可用苜蓿等绿肥压青、鲜草沤造作基肥施用。配合有机肥作基肥施用的化肥通常有过磷酸钙、氮磷复合肥、氮钾复合肥或三元复合肥等。
在上述产量水平和施肥的基础上，一般要求每亩施用标准氮肥75千克左右，氮素化肥的施用，要求2/3的作基肥施用，1/3的作迫肥施用。磷、钾肥绝大部分作基肥施用。磷肥的施用数量，一般每亩可施用过磷酸钙30千克左右，缺磷的新蒜区可施到45千克，老蒜区土壤速效磷的含量比较高，有机肥料的施用量又多时，可施用15千克左右。无论是过磷酸钙，还是钙镁磷肥，都要与有机肥料混合施用，作底肥，浅耕翻人土壤耕层。钾肥的施用数量，一般每亩施用硫酸钾30千克左右。如果土壤速效钾含量低，又具备施钾条件可施到45千克。如果土壤速效钾含量较高，可施15千克左右。钾肥的种类较多，常用的有硫酸钾、氯化钾等，均可作基肥施用。
大蒜基肥的使用方法，一般是将有机肥料在整地前施用一半，均匀地撒施在地表，结合整地，翻入地下，另一半在播种时集中沟施，使肥土相混，然后播种。如以碳酸氢铵、氨水或人粪尿作基肥时，要开沟埋施或随水浇施，施后结合整地使其与土壤混合均匀。磷肥施人土壤后，有移动性小，固定性大的特点。如施得太浅，大部分磷肥会留存在地表层不下移；如施得过深，则大部分磷肥会留存在耕层以下。同时，由于磷肥又有固定性，磷肥施入土壤后，与土壤接触面越大，时间越长，磷被固定的就越多。所以对磷肥最好是浅施，集中施或分层施，或在整地后穿施地下6-10厘米，以利幼苗吸收，培育壮苗，提高磷肥当季利用率。钾肥可在耕地时随耕翻随撒施，撒后翻入地下即可。
