在番茄生产中，应对番茄进行配方施肥。第一穗果膨大到鸡蛋大小时应进行第一次追肥，第三、四穗果膨大到鸡蛋大小时，应分期及时追施“盛果肥”，这时需肥量大，施肥量应适当增加。
针对目前设施番茄氮磷化肥用量普遍偏高，造成土壤中氮、磷养分积累，氮、磷、钾养分供应与蔬菜需求的比例失衡，造成土壤质量、蔬菜品质下降等问题，在种植过程中应遵循以下几个原则：
1.依据土壤肥力条件，综合考虑环境养分供应，适当减少氮磷化肥的用量。
2.老菜棚注意多施含秸秆多的堆肥，少施鸡粪、鸭粪等禽类粪肥，这样可以恢复地力，补充棚内二氧化碳，对除盐、减轻连作障碍等也有好处。
3.早春温度低，土壤养分供应慢，前期追肥要跟上，5月份以后减少氮肥追肥，增加钾肥的使用;初秋温度高，土壤有机养分供应能力强，以控为主，不要追肥。
4.推荐施肥应与合理灌溉紧密结合，建议采用膜下沟灌、滴灌等，每次每亩灌溉不超过30平方米，沙土不超过22平方米。
5.对于越冬长茬的番茄，利用夏季休闲可以种植甜玉米，做到合理轮作，克服连作障碍。
