1.晒种法
选择晴天，将西瓜种子摊在草席、竹筛或报纸上暴晒，厚度不超过1厘米，每隔2小时翻动l次。可杀死附着在种子上的病菌，促进种子后熟，提高发芽率。
2.浸种法
把西瓜种子放入55℃的温水(在没有温度计时，可采用“三开兑两冷”即三份开水中加入两份冷水)中，不断搅拌15分钟，待冷却后继续浸种5小时。55℃为病原体致死温度，可有效预防西瓜花叶病毒病。
3.药剂消毒法
3.1磷酸三钠浸种。用10%的磷酸三钠溶液，浸泡种30分钟，捞出清水洗净，对西瓜花叶病毒防效较好。
3.2多菌灵浸种。用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，浸种1小时，捞出清水洗净，可防治西瓜炭疽病。
3.3漂白粉消毒。用2%～4%的漂白粉溶液，浸种30分钟，捞出清水洗净，可杀死种子表面细菌。
3.4代森铵浸种。用50%代森铵水剂500倍液，浸种1小时，捞出清水洗净，可杀死种子表面细菌。
3.5抗菌剂“401”浸种消毒。用10%抗菌剂“401”配制成500溶液，浸种30分钟，可杀死种子携带的枯萎病菌、炭疽病菌等。