棉花病害发生种类多，为害期长，防止棉花病害应采取“预防为主，综合防治”的方针，通过选用抗病品种、加强肥水管理以及创造不利于病害发生的环境条件等综合措施，辅以科学的化学防治，实现经济、安全、有效的目标。
1、枯萎病
（1）选用抗、耐病品种。目前市场上推广的品种几乎都是抗枯萎病的品种。
（2）农业措施。推广平衡施肥，增施有机肥，提高棉株的抗病、耐病性，特别注意增施钾肥和配施微肥。
（3）化学防治。注意田间调查，特别是阴雨天气后，发现病株及时用药防治，杀菌剂可选用多菌灵、抗枯灵等，防治时要做到叶面喷雾防治与灌根防治相结合，病株周围重点防治与大田防治相结合。叶面喷雾防治时，药液用杀菌剂和叶面肥防治效果较好。
2、苗病
棉花苗期病害主要由立枯病、炭疽病、红腐病、枯萎病等，主要防治方法：
（1）种子处理。用杀菌剂拌种，常用杀菌剂有多菌灵、代森锰锌、甲基托布津等。
（2）适期播种，播深适宜。棉花播种过早、过深，土温低，出苗慢，病菌侵染时间长，棉苗抵抗力弱，容易感病。一般情况下，春播地膜棉以4月15-25日播种较好，播深3厘米左右。
（3）农业措施。清洁棉田，扫除残枝败叶，田外集中处理，增施有机肥，早中耕，勤中耕，雨后中耕松土，提高地温，促使幼苗生长，及时间苗，剔除病苗，选留壮苗。
（4）药剂防治。出苗后，注意天气预报，如有低温多雨天气或寒流侵袭，在降温前喷杀菌剂防治。病害发生时，用杀菌剂和叶面肥喷雾防治。杀菌剂可选用50%多菌灵1000倍液，或70%百菌清500倍液，或70%甲基托布津1000倍液，叶面肥选用有机水溶肥料。
3、铃病
棉花铃病主要由疫病、角斑病、炭疽病、黑锅并等，主要防治方法：
（1）农业措施
合理密植。采用大小行种植，一般棉田亩留苗3000-3500株，株高控制在90厘米左右。
合理施肥。增施有机肥和磷钾肥，适量使用氮肥，防止棉株旺长，减轻棉田郁蔽，改善通风透光状况。化学调控。合理使用缩节胺，控制棉株徒长。
合理整枝。对于行距过窄，封行过早的棉田，为减轻田间过分郁蔽，改善中下部光照条件和通风状况，应尽早打去边心，这样可减少铃蕾脱落和烂铃。
（2）化学防治
及时有效防治棉铃虫等害虫，减少病害传播。
喷药防治。喷药部位多以嫩铃、青铃、病铃为对象，喷药种类有50%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液，50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，80%代森锰锌可湿性粉剂600-800倍液等，隔5-7天后再喷第2次。
