辣椒茎直立，具有深绿色纵纹，也有的紫色；基部本质化，较坚韧。茎高因变种、品种不同而有差异。
株型：1开展2半直立3直立株高、株幅：叶分子叶和真叶两种类型。一般叶片大小、色泽与果表的色泽、大小有一定相关性，甜椒叶片比辣椒叶片大，主茎下部叶片比主茎上部叶片小。
辣椒的分枝习性：A门椒B对椒C四门斗椒；1主茎2一级分枝3二级分枝4三级分枝5不规则分枝（非生产枝）
辣椒花为雌雄同花，花较小，甜椒的花大于辣椒的花，生长于温和条件下的花比在炎热条件下生长的花大。花冠白色或绿白色，花萼基部连成萼筒呈钟形，尖端5齿，花冠基部合生，花着生于分枝叉点上，单生或簇生，属常异交作物，虫媒花，异交率在10%左右。
当植株生长正常，环境和营养条件适宜时有利于花的正常形成，在不良营养和环境条件下易形成畸形花（如下图的短柱花），不利于坐果。在辣椒栽培中，如浇水过多，幼苗易生长过旺，花的素质较差，易落花；而浇水过少时，植株长势弱，也影响花的质量，明显影响开花和坐果。