生产沼气是在一定的温度、湿度和隔绝空气的条件下，由多种嫌气性异养型微生物的参与的发酵后，将大分子（青草、秸秆、人畜粪尿）分解及液化成小分子物质（脂肪酸、醇、酮、氢气等），然后在甲烷细菌作用下的甲烷化途径而产生沼气。沼气发酵肥包括发酵液和残渣，两种分别占总肥量的86.6%和13.2%，其养分含量是因投料的种类、比例和加水量的不同而存在着较大的差异，但就一般而言，沼气肥所含的有机质、氮磷、钾的数量，都高于其他农家肥。
因此，沼气肥是一种优质的有机肥，既具有一定的速效性，也具有良好的持效性。虽然沼气肥的养分含量因投料的种类、比例、加入水量的不同而存在着较大的差异，但一般都可参考如下的数值进行试使用，如：沼气水肥：含全氮0.03～0.08%，含五氧化二磷：0.02～0.06%，含氧化钾0.05～0.10%，沼渣：含有机质30～50%，腐殖质10～20%，全氮0.8～1.5%，五氧化二磷0.42～0.66%，氧化钾0.65～1.30%。从上述的数据，沼气发酵肥是可以在柑橘类果树各个施肥时期中使用的。但在7～8月份中施入的壮果促梢肥则应与化学速效肥结合而使用，因为一旦施入的沼渣肥过多，其持效性的发挥，可能会导致冬梢的容易抽出，这是需要注意的。此外，上述已分析过，沼气肥的养分含量会存在差异，因此，也要靠使用者在使用的过程中逐步掌握施肥量的经验，才能达到满意的效果。
